Respetablemente instalada en San Isidro, un barrio tradicionalmente de clase acomodada de la periferia norte de Buenos Aires, la familia Puccio secuestraba a personas adineradas de su entorno, los encerraba en su propia casa, extorsionaba a sus familias y acaba por matarlas.
En la película, la esposa de Puccio, sus tres hijos y sus dos hijas son más o menos partícipes de este siniestro negocio familiar. El cinismo inquebrantable que Francella imprime al cabeza de familia está cargado de un sentido del humor que contrasta con la tensión de la historia.
Dos de los hijos -los jugadores de rugby Alejandro Puccio, del Club Atlético San Isidro y de la selección argentina -"Los Pumas"-, y su hermano Daniel Maguilla Puccio- participan activamente en los delitos.
Trapero explora además en "El clan" las derivaciones del método de desaparición de personas durante la dictadura militar argentina (1976-1983). Arquímedes tenía credenciales de agente secreto del Estado y era protegido por jefes militares.