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A mediados de 2021, Sebastián Villa protagonizó una polémica novela con el Consejo de Fútbol de Boca Juniors que dio mucho que hablar en todos los medios. El colombiano intentó forzar su venta a Europa, más precisamente al Brujas de Bélgica, dejando de entrenar con el plantel y viajando a su país natal sin la autorización previa de las autoridades del club.
Esta actitud del ex Deportes Tolima no le cayó para nada bien a Juan Román Riquelme y compañía, quienes anteriormente habían decidido darle una segunda oportunidad al futbolista cuando, a principios de 2020, su pareja lo denunció por violencia de género. Lejos de retribuirle a la institución lo que hicieron por él, el cafetero le faltó el respeto a la institución y terminó siendo separado del plantel profesional.
Sin embargo, algunos meses más tarde, Villa salió a pedir disculpas públicamente y el Consejo de Boca, con la aprobación de Sebastián Battaglia, volvieron a incorporarlo a la plantilla de Primera División. Incluso, el delantero de 25 años terminó jugando de titular algunos de los partidos más importantes del Xeneize en el semestre, como la final de la Copa Argentina ante Talleres de Córdoba.
En las últimas horas, el colombiano participó del "Reto de los 90 Segundos" del youtuber Ezzequiel y volvió a despertar la polémica en torno a su frustrada venta a Europa. "Del 1 al 10, ¿Cómo quedó tu relación con Juan Román Riquelme?", le preguntó el joven, a lo que Villa respondió sin pelos en la lengua: "5".
Por otro lado, el antioqueño afirmó que nunca le faltó el respeto al club y que su sueño pendiente es jugar en el Viejo Continente. Al mismo tiempo aseguró que estuvo muy cerca de jugar en el Brujas de Bélgica.
El contrato de Sebastián Villa con Boca finaliza a mediados de 2024. Si bien suele ser incluido en el equipo titular para los partidos más importantes del Xeneize, sus recientes declaraciones indican que su relación con la dirigencia no es la más armoniosa. Esto lo convierte, en caso de que llegue una buena oferta, en uno de los jugadores a vender en los próximos mercados de pases.